Rozpoznanie ustala się zwykle na podstawie przebiegu choroby, wywiadu oraz badania gardła i jamy ustnej. Znaczenie mają nagła gorączka, ból gardła, charakterystyczne położenie pęcherzyków lub owrzodzeń oraz kontakt z podobnie chorującymi osobami. W typowym i łagodnym przebiegu rutynowe badania krwi, oznaczenia przeciwciał oraz wymaz wirusologiczny nie są zazwyczaj potrzebne.
Dodatkowe badania mogą być rozważane, gdy zmiany są nietypowe, objawy mają duże nasilenie, choroba się przedłuża albo trzeba wykluczyć zakażenie bakteryjne lub inną przyczynę owrzodzeń. Metody reakcji łańcuchowej polimerazy, czyli badania PCR wykrywające materiał genetyczny enterowirusów, wykorzystuje się przede wszystkim w ciężkich zakażeniach, podczas ognisk epidemicznych albo z przyczyn epidemiologicznych.
Konsultacja może pomóc ocenić przebieg infekcji i ustalić dalsze postępowanie, ale lekarz może zalecić badanie stacjonarne. Dodatkowe informacje o zdrowiu dziecka nie zastępują oceny medycznej, jeżeli konieczne jest dokładne obejrzenie zmian, zbadanie pacjenta lub sprawdzenie stopnia nawodnienia.